نظریهٔ هیجان اندیشه بر یکپارچگی و تعامل فعال میان سه ساحت عاطفی، شناختی و رفتاری در نظام روانی تأکید می‌کند. بر این اساس، تجربهٔ روانی انسان، صرفاً حاصل فعالیت‌های فیزیکی ساده در مغز یا بدن نیست، بلکه پدیده‌ای است که در آن اندیشه و عاطفه چنان در هم تنیده‌اند که پدید آمدن هیجان‌ها و معنادار شدن مفاهیم ذهنی وابسته به این باهم‌آیی است. از این منظر، چند محدودیت بنیادین بر دیدگاه فیزیکالیستی (کاستن ذهن به امور فیزیکی و مادی محض) وارد می‌شود:

بر اساس نظریهٔ هیجان اندیشه، ذهن انسان چیزی فراتر از یک ماشین فیزیکی است که ورودی‌های حسی را پردازش می‌کند. ذهن، میدانی از تعاملات پویا، درهم تنیده و معنادار میان اندیشه و عاطفه است که هیجان‌ها و انگیزش‌ها را می‌آفریند. این نگاه، به محدودیت‌های دیدگاه‌های فیزیکالیستی اشاره می‌کند و نشان می‌دهد که نمی‌توان تمامیت روان را صرفاً با ارجاع به امور مادی تبیین کرد. ضرورت در نظر گرفتن شبکه‌ای از تعاملات پویا میان عاطفه، شناخت و رفتار، فیزیکالیسم را به چالش می‌کشد و بر لزوم رویکردی کل‌گرا و فرارونده از سطح فیزیکی تأکید می‌ورزد.

نابسندگی تبیین فروکاست‌گرایانه:

فیزیکالیسم تلاش می‌کند همهٔ پدیده‌های روانشناختی را به امور فیزیکی در مغز—مانند الگوهای شلیک نورونی، ساختارهای مولکولی یا فعالیت‌های الکتروشیمیایی—فروکاهد. اما نظریهٔ هیجان اندیشه نشان می‌دهد که پدیده‌های روانی، به‌ویژه هنگامی که از تعامل اندیشه و عاطفه برمی‌خیزند، ساختاری چندوجهی و یکپارچه دارند. فروکاست این کل پیچیده به اجزای فیزیکی ساده، توضیح‌دهندهٔ کیفیات پدیدارمند (qualia) یا چگونگی شکل‌گیری هیجان‌های خاص از ترکیب اندیشه و عاطفه نخواهد بود. به عبارت دیگر، بررسی پویایی‌های ذهنی بدون درنظر گرفتن نقش انگیزش، احساسات و تمایلات عاطفی، از دیدگاه این نظریه ناقص است.

عدم کفایت در توضیح پویایی‌های درونی هیجان و اندیشه:

نظریهٔ هیجان اندیشه بر پویایی و تعامل دائمی میان اندیشه و عاطفه تأکید دارد. این تعاملات پویا، غیرخطی و گاه غیرقابل پیش‌بینی‌اند. فیزیکالیسم با آنکه می‌تواند برخی همبستگی‌های عصبی را بیان کند، اما در تبیین مکانیزم‌های شکل‌گیری و دگرگونی هیجان‌ها بر اساس تغییرات شناختی یا شکل‌گیری اندیشه‌ها بر پایهٔ هیجان، با محدودیت مواجه می‌شود. چراکه این نظریه درکی مکانیکی و خطی از فرایندهای ذهنی دارد و عمدتاً بر همبستگی‌های مادی تکیه می‌کند، حال آنکه نظریهٔ هیجان اندیشه بر تکامل و تعاملات متقابل در زمان تأکید دارد.

عدم تبیین کفایت علّی (Causal Efficacy) تجربه‌های درونی:

یکی از چالش‌های مهم برای فیزیکالیسم، توضیح اینکه چرا احساسات، ارزش‌ها، تمایلات، و انگیزه‌ها چنین نقشی قاطع در رفتار و اندیشهٔ انسانی دارند، است. نظریهٔ هیجان اندیشه نشان می‌دهد که عامل هیجانی—که ریشه در هم‌آیی اندیشه و عاطفه دارد—در انگیزش و اقدام انسان نقشی مستقیم ایفا می‌کند. فیزیکالیسم اگرچه وجود مکانیزم‌های بیولوژیک را روشن می‌کند، اما به سختی می‌تواند نشان دهد که چگونه چنین مکانیزم‌هایی فارغ از بار معنایی و عاطفی، انگیزش و جهت‌مندی رفتار را پدید می‌آورند. بدین معنا، ارزش‌ها و معانی در نظریهٔ هیجان اندیشه نقشی کلیدی دارند که صرف فیزیکال کردن ذهن، نمی‌تواند از پس تبیین این وجه معنادار و هنجارگذار روان برآید.

بی‌توجهی به یکپارچگی آگاهانه و معنادار روان:

نظریهٔ هیجان اندیشه بر یکپارچگی تار و پود اندیشه و عاطفه تأکید می‌کند. این رویکرد نشان می‌دهد که رخدادهای ذهنی، از جنس پدیده‌های پراکندهٔ فیزیکی نیستند که صرفاً در کنار هم قرار گیرند، بلکه نظامی زنده، پویا و هدفمند را شکل می‌دهند. فیزیکالیسم عمدتاً به زیربناهای عصب‌زیستی (Neurobiological Substrates) می‌پردازد و در تحلیل یکپارچگی معنایی که فرد آن را آگاهانه تجربه می‌کند، با محدودیت مواجه می‌شود. این در حالی است که هیجان اندیشه بر این آگاهی و معناسازی ذهنی تأکید دارد، امری که نمی‌توان آن را به صرف فعالیت‌های نورونی فروکاست.