با وجود اینکه فیزیکالیسم چارچوبی قوی برای فهم بسیاری از جنبه‌های جهان طبیعی فراهم می‌کند، اما در تبیین تعامل پدیده‌های هستی محدودیت‌های اساسی دارد. از آگاهی و اراده گرفته تا اصول ریاضی و نقش احتمالی ذهن در فیزیک کوانتومی، همگی نشان می‌دهند که شاید نیاز به چارچوب‌های فلسفی گسترده‌تری برای فهم تعاملات بنیادین هستی داشته باشیم.

فیزیکالیسم به عنوان یک دیدگاه فلسفی، معتقد است که همه چیز در جهان در نهایت به فرآیندهای فیزیکی قابل تحویل است. این دیدگاه، گرچه در علوم طبیعی بسیار موفق بوده، اما در تبیین برخی مفاهیم متافیزیکی و معرفت‌شناختی، به ویژه در زمینه تعامل پدیده‌های هستی، با محدودیت‌هایی روبه‌رو است.

۱. تقلیل‌گرایی و مسئله کیفیت‌های ذهنی

یکی از محدودیت‌های اصلی فیزیکالیسم، ناتوانی آن در توضیح تجربه‌های ذهنی و ویژگی‌های کیفی پدیده‌های ذهنی است. به عنوان مثال، تجربه «قرمزی» یا احساس «درد»، هرچند به فعل و انفعالات فیزیکی در مغز مرتبط باشند، اما خود این تجربه‌های ذهنی را نمی‌توان صرفاً با قوانین فیزیکی توضیح داد. این مشکل در قالب «مسئله سخت آگاهی» توسط دیوید چالمرز مطرح شده است.

۲. تعامل بین موجودات مجرد و جهان فیزیکی

اگرچه فیزیکالیسم تأکید دارد که همه چیز از مواد فیزیکی تشکیل شده است، اما برخی پدیده‌ها، مانند مفاهیم ریاضی، اخلاق، و حتی قوانین فیزیک خود، به نظر می‌رسد که وجودی مستقل از ماده دارند. مثلاً اعداد یا گزاره‌های منطقی، اگرچه در مغز انسان پردازش می‌شوند، اما خودشان به عنوان موجودات فیزیکی قابل تعریف نیستند. بنابراین، تعامل این امور با جهان فیزیکی تحت چارچوب فیزیکالیسم دشوار است.

۳. نقش علیت غیر فیزیکی

در بسیاری از نظام‌های فلسفی، از جمله فلسفه ذهن دوگانه‌گرا، این فرضیه مطرح است که علل غیرمادی می‌توانند بر جهان فیزیکی تأثیر بگذارند. اما فیزیکالیسم در توضیح تعامل بین یک امر غیرمادی، مانند نیت یا اراده، و دنیای فیزیکی دچار مشکل می‌شود. اگر همه چیز صرفاً به نیروهای فیزیکی تحویل شود، چگونه ممکن است که نیت یک فرد منجر به حرکت فیزیکی بدنش شود؟

۴. مسئله کوانتومی و احتمال عدم‌کفایت فیزیکالیسم کلاسیک

مکانیک کوانتومی نشان داده است که در سطوح بنیادین، رفتار ذرات زیراتمی با عدم‌قطعیت و احتمالات گره خورده است، و این امر می‌تواند امکان تعامل غیرمادی و تأثیر علل غیر فیزیکی را مطرح کند. به عنوان مثال، در نظریه‌های کوانتومی ذهن، برخی فیلسوفان و دانشمندان ادعا کرده‌اند که آگاهی ممکن است نقشی فعال در فروپاشی تابع موج داشته باشد، که این امر فراتر از محدودیت‌های فیزیکالیسم کلاسیک است.

۵. عدم کفایت فیزیکالیسم در تبیین کلیت هستی

هستی شامل ابعاد مختلفی است، از ماده و انرژی گرفته تا آگاهی، ارزش‌ها، معنا و زیبایی‌شناسی. فیزیکالیسم شاید بتواند برخی از این ابعاد را توصیف کند، اما در ارائه یک توضیح جامع از تعامل همه این پدیده‌ها دچار مشکل است. به همین دلیل، برخی فلاسفه، مانند کارل پوپر، از دیدگاه‌های چندگانه استفاده می‌کنند که در آن جهان فیزیکی، جهان ذهنی، و جهان ایده‌ها از هم متمایز هستند.